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常见问题

如何计算shRNA干扰分值?

VectorBuilder设计和评估shRNA的规则与RNAi consortium(TRC)使用的规则类似。对于每个RefSeq转录本,我们会搜索出所有的21 mers作为候选靶位点。以下因素会降低干扰效率/特异性或影响克隆,含有这些特点的序列将会被排除。主要因素包括:含有≥4个连续相同碱基,含有≥7个G或C,GC含量<25%或> 60%以及序列的5'端含有AA碱基。如果靶点内部含有茎环结构,或是3'末端的GC含量较高,或是该靶点是已知的miRNA核心序列或是会打靶到其他基因,则该靶点的分值就会较低。若靶位点存在于一个基因的多个转录本,则该靶点的分值就会较高。

所有的干扰分值均≥0,平均数约为5,标准差约为5,95%的分值均≤15。若一个shRNA的干扰分值是15,则表示具有很高干扰效率且易于克隆;若干扰分值为0,则表示干扰效果较差或难以克隆。

请注意干扰分值只是一个参考值。实际的干扰效果可能会与预测的分值有偏差,低分值的shRNA也可能产生较好的干扰效果。同时,靶向转录本的 3’ UTR也可以起到干扰作用。