shRNA慢病毒文库

VectorBuilder提供高质量的针对人和小鼠基因的shRNA慢病毒文库产品（shRNA lentivirus library）。对于每个物种，我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品：全基因组大库（针对约19,000个RefSeq基因）和精华基因小库（针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因），每个基因对应5-6个不同的shRNA。我们的shRNA文库已通过了NGS测序和功能验证。

点击查看产品订购信息>>

慢病毒shRNA文库介导的基因筛选常规流程如下图1所示。首先，利用慢病毒shRNA文库转导靶细胞，并通过慢病毒载体上携带的筛选标记（例如药物选择或荧光标记）来筛选成功转导的阳性细胞。将阳性细胞分为对照组和实验组，对实验组进行压力选择（如药物处理或重复传代），筛选出具有目的表型的细胞。基因功能筛选策略通常有三种类型：1）活力筛选，筛选出shRNA富集或锐减的活细胞; 2）报告基因筛选，筛选出报告基因的表达强度与shRNA的富集有关的细胞（如靶向调节报道基因表达shRNA）；3）行为筛选，筛选出shRNA与细胞侵袭、迁移等基因相关的细胞。相对于对照组，实验组细胞筛选完成后，通过sanger测序或NGS测序鉴定出富集或锐减的shRNA。通过下游功能研究，进一步分析富集或消减的shRNA可能靶向的候选基因。

图1. 慢病毒shRNA文库介导的功能缺失筛选流程图，摘自Acta Biochim Biophys Sin 44：103-112 (2012)

产品描述

靶向性广和序列多样：针对人和小鼠，我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品：全基因组大库（针对约19,000个RefSeq基因）和精华基因小库（针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因），每个基因对应5-6个不同的shRNA。shRNA靶点的设计规则参考RNAi consortium (TRC)，筛选出来的shRNA都具有较高的干扰分值，使得干扰效果更可靠，筛选效果更明显。

高度均一性： 通过NGS验证表明，精华库覆盖了100％的shRNA，全基因组库覆盖了97％的shRNA，每个shRNA出现的频率较均一（见图2）。

图2. shRNA在不同质粒DNA文库的均一性。shRNA read counts are normalized by NGS library size (10 million reads) and plotted in log2 scale.

体系成熟的慢病毒载体骨架和即用型高滴度慢病毒：shRNA文库使用的骨架是第三代慢病毒载体系统，利用人U6启动子介导shRNA的表达，这一系统能在多种细胞中高效稳定地干扰靶基因，而且可以永久有效并均一地将shRNA导入细胞，所以是体外遗传筛选的理想选择。我们可以提供以上文库的即用型慢病毒（>10⁸ TU/ml），可为您节省病毒包装和滴度测定时间。为了提高生物安全性，我们对第三代慢病毒载体系统进行了优化，使其不能进行自我复制。

图3. 哺乳动物shRNA干扰慢病毒载体示意图

查看慢病毒shRNA载体注释图和序列>> 

查看包含shRNA文库载体完整注释图和序列>>

含有双报告基因以利于筛选或追踪阳性细胞：构建文库使用的慢病毒载体骨架含有EGFP和嘌呤霉素抗性基因（Puro），可通过嘌呤霉素和绿色荧光示踪筛选阳性细胞。

图4. 使用人类shRNA精华库（MOI = 10）转导293T细胞，利用嘌呤霉素筛选4天（1.5 μg/ml）之后，EGFP在293T细胞中的表达情况。放大倍数：200x。左边：白光。右边：GFP。

shRNA文库筛选：与阵列RNAi筛选相比，RNAi文库筛选具有许多优点，如下表所示：

	阵列筛选	文库筛选
如何将shRNA导入靶细胞？	将不同的单个shRNA分别应用于多孔板（例如96孔或384孔）生长的细胞	数以千计不同的shRNA同时应用于一个细胞群体
如何鉴定与特定表型相关的shRNA？	应用于单孔的shRNA序列是已知的；需要逐一仔细筛查表现出特定表型的细胞或孔	从细胞集群中筛选出特定表型的细胞；需要通过测序鉴定出细胞中富集或锐减的shRNA序列
是否能检测遗传交互？	不能或者有限制（只有单个或几个shRNA添加到每个孔中）	可以（细胞可能携带多个随机整合的shRNA）
技术要求	高	低
人工试剂成本	高	低
特殊设备要求	高（例如液体处理器，高通量成像仪等）	低（传统台式设备即可）