进一步了解 >> 我们的质量体系通过ISO 9001认证。这些产品是在我们先进的设施中严格控制下生成的。

预设计的shRNA文库

云舟生物提供高质量的针对人和小鼠基因的shRNA慢病毒文库产品(shRNA lentivirus library)。对于每个物种,我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品:全基因组大库(针对约19,000个RefSeq基因)和精华基因小库(针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因),每个基因对应5-6个不同的shRNA。我们的shRNA文库已通过了NGS测序和功能验证。

订购信息
产品名称基因数量(个)shRNA数量(条)规格*货号价格(CNY)
人类精华基因shRNA文库2,16112,471标准规格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)
LVM(Lib190505-1037bjk)¥13,980
小鼠精华基因shRNA文库2,23312,472标准规格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)
LVM(Lib190505-1039sgb)¥13,980
人类全基因组shRNA文库20,593105,233标准规格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)
LVM(Lib230926-1079mym)¥13,980
大规格
(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)
LV5M(Lib230926-1079mym)¥17,480
小鼠全基因组shRNA文库22,023105,170标准规格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)
LVM(Lib230926-1080rpt)¥13,980
大规格
(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)
LV5M(Lib230926-1080rpt)¥17,480
* 对于精华基因文库,标准规格包装的慢病毒可以满足>40次筛选的要求,且达到100x的覆盖率。对于全基因组文库,标准规格包装的慢病毒可以满足>5次筛选的要求,且达到100x的覆盖率;大规格包装的慢病毒可以满足>25次筛选的要求,且达到100x的覆盖率。

功能筛选样品的下游服务

功能筛选后,不知道如何对样品进行NGS数据分析?您可以直接将基因组DNA样品寄送给我们,我们将为您制备NGS样品、高通量测序和数据分析,并在短短几周内告知您样品的gRNA/shRNA的分布情况。
技术详情

靶向性广和序列多样:针对人和小鼠,我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品:全基因组大库(针对约19,000个RefSeq基因)和精华基因小库(针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因),每个基因对应5-6个不同的shRNA。shRNA靶点的设计规则参考RNAi consortium (TRC),筛选出来的shRNA都具有较高的干扰分值,使得干扰效果更可靠,筛选效果更明显。

高度均一性: 通过NGS验证表明,精华库覆盖了100%的shRNA,全基因组库覆盖了97%的shRNA,每个shRNA出现的频率较均一(见图1)。

图1 shRNA在不同质粒DNA文库的均一性。shRNA读长分布按NGS文库大小(1000万reads)标准化,并以log2比例绘制。

体系成熟的慢病毒载体骨架和即用型高滴度慢病毒:shRNA文库使用的骨架是第三代慢病毒载体系统,利用人U6启动子介导shRNA的表达,这一系统能在多种细胞中高效稳定地干扰靶基因,而且可以永久有效并均一地将shRNA导入细胞,所以是体外遗传筛选的理想选择。我们可以提供以上文库的即用型慢病毒(>108 TU/ml),可为您节省病毒包装和滴度测定时间。为了提高生物安全性,我们对第三代慢病毒载体系统进行了优化,使其不能进行自我复制。
图2 哺乳动物shRNA干扰慢病毒载体示意图
含有双报告基因以利于筛选或追踪阳性细胞:构建文库使用的慢病毒载体骨架含有EGFP和嘌呤霉素抗性基因(Puro),可通过嘌呤霉素和绿色荧光示踪筛选阳性细胞。
图3 使用人类shRNA精华库(MOI = 10)转导293T细胞,利用嘌呤霉素筛选4天(1.5 μg/ml)之后,EGFP在293T细胞中的表达情况。放大倍数:200x。左:明场。右:GFP。

慢病毒shRNA文库介导的基因筛选常规流程如下图4所示。首先,利用慢病毒shRNA文库转导靶细胞,并通过慢病毒载体上携带的筛选标记(例如药物选择或荧光标记)来筛选成功转导的阳性细胞。将阳性细胞分为对照组和实验组,对实验组进行压力选择(如药物处理或重复传代),筛选出具有目的表型的细胞。基因功能筛选策略通常有三种类型:1)活力筛选,筛选出shRNA富集或锐减的活细胞; 2)报告基因筛选,筛选出报告基因的表达强度与shRNA的富集有关的细胞(如靶向调节报道基因表达shRNA);3)行为筛选,筛选出shRNA与细胞侵袭、迁移等基因相关的细胞。相对于对照组,实验组细胞筛选完成后,通过sanger测序或NGS测序鉴定出富集或锐减的shRNA。通过下游功能研究,进一步分析富集或消减的shRNA可能靶向的候选基因。

图4 慢病毒shRNA文库介导的功能缺失筛选流程图,摘自Acta Biochim Biophys Sin 44:103-112 (2012)

常见问题解答
阵列筛选文库筛选
如何将shRNA导入靶细胞?将不同的单个shRNA分别应用于多孔板(例如96孔或384孔)生长的细胞数以千计不同的shRNA同时应用于一个细胞群体
如何鉴定与特定表型相关的shRNA?应用于单孔的shRNA序列是已知的;需要逐一仔细筛查表现出特定表型的细胞或孔从细胞集群中筛选出特定表型的细胞;需要通过测序鉴定出细胞中富集或锐减的shRNA序列
是否能检测遗传交互?不能或者有限制(只有单个或几个shRNA添加到每个孔中)可以(细胞可能携带多个随机整合的shRNA)
技术要求
人工试剂成本
特殊设备要求高(例如液体处理器,高通量成像仪等)低(传统台式设备即可)

我们设计和评估shRNA的规则与RNAi consortium(TRC)使用的规则类似。对于每个RefSeq转录本,我们会搜索出所有的21 mers作为候选靶位点。以下因素会降低干扰效率/特异性或影响克隆,含有这些特点的序列将会被排除。主要因素包括:含有≥4个连续相同碱基,含有≥7个G或C,GC含量<25%或> 60%以及序列的5'端含有AA碱基。如果靶点内部含有茎环结构,或是3'末端的GC含量较高,或是该靶点是已知的miRNA核心序列或是会打靶到其他基因,则该靶点的分值就会较低。若靶位点存在于一个基因的多个转录本,则该靶点的分值就会较高。

所有的干扰分值均≥0,平均数约为5,标准差约为5,95%的分值均≤15。若一个shRNA的干扰分值是15,则表示具有很高干扰效率且易于克隆;若干扰分值为0,则表示干扰效果较差或难以克隆。

请注意干扰分值只是一个参考值。实际的干扰效果可能会与预测的分值有偏差,低分值的shRNA也可能产生较好的干扰效果。同时,靶向转录本的 3’ UTR也可以起到干扰作用。

相关服务
文库构建 
shRNA基因敲低解决方案 
载体构建 
病毒包装 
载体设计