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冠状病毒解决方案
VectorBuilder提供高质量的针对人和小鼠基因的shRNA慢病毒文库产品(shRNA lentivirus library)。对于每个物种,我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品:全基因组大库(针对约19,000个RefSeq基因)和精华基因小库(针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因),每个基因对应5-6个不同的shRNA。我们的shRNA文库已通过了NGS测序和功能验证。
慢病毒shRNA文库介导的基因筛选常规流程如下图1所示。首先,利用慢病毒shRNA文库转导靶细胞,并通过慢病毒载体上携带的筛选标记(例如药物选择或荧光标记)来筛选成功转导的阳性细胞。将阳性细胞分为对照组和实验组,对实验组进行压力选择(如药物处理或重复传代),筛选出具有目的表型的细胞。基因功能筛选策略通常有三种类型:1)活力筛选,筛选出shRNA富集或锐减的活细胞; 2)报告基因筛选,筛选出报告基因的表达强度与shRNA的富集有关的细胞(如靶向调节报道基因表达shRNA);3)行为筛选,筛选出shRNA与细胞侵袭、迁移等基因相关的细胞。相对于对照组,实验组细胞筛选完成后,通过sanger测序或NGS测序鉴定出富集或锐减的shRNA。通过下游功能研究,进一步分析富集或消减的shRNA可能靶向的候选基因。
图1. 慢病毒shRNA文库介导的功能缺失筛选流程图,摘自Acta Biochim Biophys Sin 44:103-112 (2012)
靶向性广和序列多样:针对人和小鼠,我们提供了两种规格的慢病毒shRNA文库产品:全基因组大库(针对约19,000个RefSeq基因)和精华基因小库(针对PubMed Central上约2,000个最常被引用的基因),每个基因对应5-6个不同的shRNA。shRNA靶点的设计规则参考RNAi consortium (TRC),筛选出来的shRNA都具有较高的干扰分值,使得干扰效果更可靠,筛选效果更明显。
高度均一性: 通过NGS验证表明,精华库覆盖了100%的shRNA,全基因组库覆盖了97%的shRNA,每个shRNA出现的频率较均一(见图2)。
图2. shRNA在不同质粒DNA文库的均一性。shRNA read counts are normalized by NGS library size (10 million reads) and plotted in log2 scale.
阵列筛选 | 文库筛选 | |
如何将shRNA导入靶细胞? | 将不同的单个shRNA分别应用于多孔板(例如96孔或384孔)生长的细胞 | 数以千计不同的shRNA同时应用于一个细胞群体 |
如何鉴定与特定表型相关的shRNA? | 应用于单孔的shRNA序列是已知的;需要逐一仔细筛查表现出特定表型的细胞或孔 | 从细胞集群中筛选出特定表型的细胞;需要通过测序鉴定出细胞中富集或锐减的shRNA序列 |
是否能检测遗传交互? | 不能或者有限制(只有单个或几个shRNA添加到每个孔中) | 可以(细胞可能携带多个随机整合的shRNA) |
技术要求 | 高 | 低 |
人工试剂成本 | 高 | 低 |
特殊设备要求 | 高(例如液体处理器,高通量成像仪等) | 低(传统台式设备即可) |
产品订购信息
产品名称 | 基因数量(个) | shRNA数量(条) | 规格* | 货号 | 价格(CNY) | |
人类精华基因shRNA文库 | 2,161 | 12,471 | 标准规格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) |
LVM(Lib190505-1037bjk) | ¥19,500 ¥39,000 |
|
小鼠精华基因shRNA文库 | 2,233 | 12,472 | 标准规格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) |
LVM(Lib190505-1039sgb) | ¥19,500 ¥39,000 |
|
人类全基因组shRNA文库 | 18,432 | 92,917 | 标准规格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) |
LVM(Lib190505-1038ngq) | ¥19,500 ¥39,000 |
|
大规格 (>1.0x108 TU/ml, 5 ml) |
LV5M(Lib190505-1038ngq) | ¥60,000 ¥120,000 |
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小鼠全基因组shRNA文库 | 19,790 | 92,917 | 标准规格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) |
LVM(Lib190505-1042tfx) | ¥19,500 ¥39,000 |
|
大规格 (>1.0x108 TU/ml, 5 ml) |
LV5M(Lib190505-1042tfx) | ¥60,000 ¥120,000 |
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