shRNA(3+1)病毒套装

shRNA的基因敲低效率通常在不同的shRNA设计中差异巨大,因此从多个shRNA中筛选出最佳的shRNA设计对于目的基因的表达干扰实验尤为重要。云舟生物提供的shRNA(3+1)病毒包装服务有助于您选择实验效果最好的shRNA。使用病毒载体可以高效地将这些shRNA递送进哺乳动物细胞。我们提供的shRNA载体病毒包装类型包括慢病毒、AAV和腺病毒。

订购信息

shRNA(3+1)慢病毒包装(二代/三代慢病毒)

病毒类型 规格 交付内容 价格(CNY) 周期
shRNA慢病毒 小规格 3个shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>2.5 x 107 TU ¥5,400.00 8-16天
中规格 3个shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 108 TU ¥7,700.00
大规格 3个shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥12,700.00
超纯化中规格 3个shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>5 x 108 TU ¥15,400.00
超纯化大规格 3个shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥19,300.00
miR30 shRNA慢病毒 小规格 3个miR30 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>2.5 x 107 TU ¥5,400.00 8-16天
中规格 3个miR30 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 108 TU ¥7,700.00
大规格 3个miR30 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥12,700.00
超纯化中规格 3个miR30 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>5 x 108 TU ¥15,400.00
超纯化大规格 3个miR30 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥19,300.00
shRNA(IPTG诱导表达)慢病毒 小规格 3个IPTG诱导型shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>2.5 x 107 TU ¥5,400.00 8-16天
中规格 3个IPTG诱导型shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 108 TU ¥7,700.00
大规格 3个IPTG诱导型shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥12,700.00
超纯化中规格 3个IPTG诱导型shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>5 x 108 TU ¥15,400.00
超纯化大规格 3个IPTG诱导型 shRNA慢病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 109 TU ¥19,300.00

注意:以上价格和周期不包含载体构建

点击查看shRNA慢病毒载体指南 

点击查看miR30 shRNA慢病毒载体指南 

点击查看shRNA(IPTG诱导表达)慢病毒载体指南 

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shRNA(3+1)腺相关病毒包装

病毒类型 规格 交付内容 价格(CNY) 周期
shRNA腺相关病毒(ssAAV/scAAV) 小规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>2.5 x 1010 GC ¥6,200.00 10-18天
中规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1011 GC ¥9,200.00
大规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1012 GC ¥15,500.00
超纯化小规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1012 GC ¥18,600.00 16-26天
超纯化中规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>5 x 1012 GC ¥22,400.00
超纯化大规格 3个shRNA腺相关病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1013 GC ¥33,800.00

注意:以上价格和周期不包含载体构建

点击查看shRNA腺相关病毒载体指南 

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shRNA(3+1)腺病毒包装

病毒类型 规格 交付内容 价格(CNY) 周期
shRNA腺病毒(Ad5腺病毒) 小规格 3个shRNA腺病毒 + 1个对照病毒,每个>2.5 x 109IFU ¥9,300.00 27-39天
中规格 3个shRNA腺病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1010 IFU ¥13,800.00
大规格 3个shRNA腺病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1011 IFU ¥23,300.00
超纯化中规格 3个shRNA腺病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1012 VP ¥27,800.00 29-43天
超纯化大规格 3个shRNA腺病毒 + 1个对照病毒,每个>1 x 1012 VP ¥34,500.00

注意:以上价格和周期不包含载体构建

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您也可以使用下方的载体设计工具为您目的基因定制3个shRNA载体并同时进行病毒包装

技术详情

当前我们提供慢病毒、AAV和腺病毒类型的shRNA(3+1)套装。所有shRNA载体系统均经过专门优化,在大肠杆菌中具有高拷贝复制、可包装产生高滴度病毒并且对于靶细胞具有高效的转导效率。常规的shRNA使用人U6启动子驱动表达,在转导细胞中可靶向目的基因mRNA使其降解。对于AAV病毒,我们提供以下血清型:1、2、3、4、5、6、6.2、7、8、9、rh10、DJ、DJ/8、PHP.eB、PHP.S、AAV2-retro、AAV2-QuadYF和AAV2.7m8。

慢病毒载体

指南 

AAV病毒载体

指南 

腺病毒载体

指南 
文档

暂无

常见问题解答

我们设计和评估shRNA的规则与RNAi consortium(TRC)使用的规则类似。对于每个RefSeq转录本,我们会搜索出所有的21 mers作为候选靶位点。以下因素会降低干扰效率/特异性或影响克隆,含有这些特点的序列将会被排除。主要因素包括:含有≥4个连续相同碱基,含有≥7个G或C,GC含量<25%或> 60%以及序列的5'端含有AA碱基。如果靶点内部含有茎环结构,或是3'末端的GC含量较高,或是该靶点是已知的miRNA核心序列或是会打靶到其他基因,则该靶点的分值就会较低。若靶位点存在于一个基因的多个转录本,则该靶点的分值就会较高。 所有的干扰分值均≥0,平均数约为5,标准差约为5,95%的分值均≤15。若一个shRNA的干扰分值是15,则表示具有很高干扰效率且易于克隆;若干扰分值为0,则表示干扰效果较差或难以克隆。

请注意干扰分值只是一个参考值。实际的干扰效果可能会与预测的分值有偏差,低分值的shRNA也可能产生较好的干扰效果。同时,靶向转录本的 3’ UTR也可以起到干扰作用。

并不是所有的shRNA都会起作用

根据我们的经验和来自客户的反馈,使用3-4个shRNA进行干扰测试时,通常只有2-3个有比较合理的干扰效果。所以,在使用shRNA时,重要的是要认识到并非所有的shRNA都能正常工作。通常情况下,约50-70%的shRNA具有干扰效果,其中只有约20-30%的shRNA具有比较明显的效果。如果您使用几个shRNA靶向同一个基因都没有一个能产生满意的干扰效果,最好的解决方式是尝试更多的shRNA,特别是那些经过文献验证的shRNA。目前,许多研究人员使用靶向相同基因的shRNA库(即不同shRNA的混合物)进行实验,以期提高干扰效率。

干扰效率检测方法不当

最常用评估shRNA干扰效率的灵敏测定方法是RT-qPCR,您可能需要尝试几对引物,筛选出最具特异性和效率的引物对。通常情况下,RT-qPCR引物应跨越内含子,即设计在两个外显子上,以免扩增基因组DNA。当使用新引物时,建议您先进行预扩增实验,并将PCR产物进行电泳检测目的条带,或者甚至可以通过测序验证PCR产物是否正确。在进行RT-qPCR的同时,应注意设置minus-RT对照以评估基因组DNA的污染水平。您可以使用NCBI引物设计工具(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)来检查引物质量。 干扰效率也可以通过蛋白质印迹法(Western blot)进行评估。然而,该方法常产生来自非特异性抗体结合的假阳性条带,从而导致误判没有干扰效果。因此,在使用时需要确保抗体的特异性。 您使用的shRNA可能只打靶基因的某个转录本 在设计shRNA时,我们推荐您使用那些能靶向单个基因多个转录本的shRNA,除非您只想打靶特定转录本。VectorBuilder提供针对常见物种的shRNA数据库。当您将shRNA元件插入载体时,您可以选择shRNA数据库,通过搜索目的基因查看所有可用的shRNA详细信息。您还可以打开其中的UCSC链接,查看shRNA序列在基因组和转录本中位置等信息。

您使用的shRNA可能只打靶基因的某个转录本

在设计shRNA时,我们推荐您使用那些能靶向单个基因多个转录本的shRNA,除非您只想打靶特定转录本。VectorBuilder提供针对常见物种的shRNA数据库。当您将shRNA元件插入载体时,您可以选择shRNA数据库,通过搜索目的基因查看所有可用的shRNA详细信息。您还可以打开其中的UCSC链接,查看shRNA序列在基因组和转录本中位置等信息。

生物医学研究中慢病毒、AAV以及腺病毒都是常用的病毒载体,它们在应用以及性能上各有优劣。

下表是当您选择合适病毒时需要考虑的因素:

  慢病毒 AAV 腺病毒
组织嗜性 广泛 取决于血清型 难以感染某些细胞
是否可感染非分裂细胞
病毒基因组稳定整合抑或游离于宿主基因组 稳定整合 游离的DNA附加体形式 游离的DNA附加体形式
最大滴度 很高
自定义启动子
应用 体外、体内实验 体内实验 体内实验
体内免疫反应 很低

从细胞收毒后,如果病毒载体带有荧光报告基因,我们通常先将病毒转导一些常见的细胞系(如293T或293A),观察荧光的表达情况,从而检验病毒的质量。然后根据病毒类型采取不同的方法来量化病毒的滴度。如果荧光观察结果和定量测量之间存在较大差异,我们将进行重新测量或额外验证,以确保生产的病毒是高质量的。

慢病毒

我们使用p24 ELISA法测定慢病毒滴度。该方法的三明治免疫试验可测定HIV-1核心蛋白p24在慢病毒上清液中的含量水平。我们首先在微量滴定板上加入慢病毒样本,然后每孔加入HIV-1 p24捕获抗体进行孵育,并随后添加生物素化的p24二抗以结合p24一抗。此后,样本中加入的辣根过氧化物酶(HRP)标记的链霉亲和素可特异性结合生物素化的p24二抗。在最后一步中,加入辣根过氧化物酶底物反应液,经HRP催化产生有颜色的产物。每个孔的颜色深度最终反映了慢病毒样本中的p24含量。使用分光光度计测量的样本吸光度数值与重组HIV-1的p24标准曲线进行对照,然后被换算为对应的慢病毒滴度。

AAV

我们通过裂解AAV病毒颗粒,然后以qPCR测定裂解产物中的AAV基因组拷贝数(ITR区域的拷贝数)来获取AAV的物理滴度(Physical titer)。AAV病毒颗粒通常十分稳定。我们制备的AAV均有活性且能在室温下多天仍保持功效。因此我们的物理滴度非常接近实际的功能滴度。

腺病毒

对于腺病毒,我们测量的是功能滴度(Functional titer)。在293A细胞中转导梯度稀释的腺病毒后,我们使用我们采用基于免疫化学的方法对转导成功的细胞进行计数来代表病毒滴度。这些细胞包含了腺病毒特异性六连体蛋白(Ad5 hexon protein),并且每个细胞被看作一个感染单位。细胞在非常低的感染复数的条件下被转导,以保证每个细胞只被一个腺病毒感染。这种实验方法与传统的噬菌斑试验有良好的相关性。对于超纯化的腺病毒,我们通过测定病毒颗粒的光密度(OD260)来换算为滴度(光密度与病毒的功效滴度有良好的相关性)。腺病毒具有相当好的稳定性。我们制备的腺病毒在室温下保存多天仍具有活性。