载体元件命名规则（如启动子、ORF和linker）

  • VectorBuilder常用元件库的元件：使用元件的常用名字，如CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder基因库中检索的ORF：ORF命名由基因名称和其后面跟着的括号中的RefSeq accession组成（无RefSeq注释的则使用Gene ID）。在基因名称的前面加上小写字母的，则表示种属的缩写。具体命名规则如下：

    • 人（human）、小鼠（mouse）、大鼠（rat）分别对应缩写字母“h”、“m”、“r”
    • 其他常见种属则用两个缩写字母来表示，例如：猫（cat）、黑猩猩（chimpanzee）、狗（dog）分别对应“ct”、“ch”、“dg”。
    • 罕见种属则用学名的三个缩写字母加下划线来表示。缩写的首字母对应属名的首字母，其他两个字母对应种名的前两个字母。例如：黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）的缩写是“dme_”。

    以NCBI RefSeq转录本库的一个人类ORF命名为例：hRHO[NM_000539.3]
    以VectorBuilder ORF库里的一个小鼠ORF命名为例：mRho[ORF032112]
    以NCBI RefSeq转录本库的一个黑腹果蝇ORF命名为例：dme_w[NM_057439.2]
    以NCBI RefSeq转录本库的一个E. coli ORF命名为例: eco_nhaA[944758]

  • 用户提供序列的元件：序列命名后才能把该序列添加到载体上，用户提供的名字将显示在大括号里。若用户添加的序列跟VectorBuilder数据库里的某一个元件完全相同，则该序列的名字会自动变成 VectorBuilder元件库里的名字。

    以用户提供的元件命名为例：{MyGene}

  • 用户编辑后的VectorBuilder ORF库元件：当一个来自VectorBuilder数据库的ORF被用户引入突变之后，会在原来的ORF名字上打上*的标记来表示引入了突变。用户可以选择继续使用这个名字，或者对它重命名。如果选择重命名，则名字将显示在大括号里，表示此名字是由客户命名的。请注意，用“添加标签”功能添加到开放阅读框的蛋白标签不视为突变。

    以VectorBuilder数据库里一个经过用户编辑的ORF为例：自动生成名字是hRHO[NM_000539.3]* ，用户重命名后变成{MyGene}