载体元件命名规则(如启动子、ORF和linker)
  • VectorBuilder常用元件库的元件:使用元件的常用名字,如CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder基因库中检索的ORF:基因名称后面跟着一个中括号,括号里面是转录本RefSeq accession或者是VectorBuilder ORF ID号。在基因名称的前面则会加上小写字母表示种属的缩写,具体命名规则如下:

    • 人(human)、小鼠(mouse)、大鼠(rat)分别对应缩写字母“h”、“m”、“r”
    • 其他常见种属则用两个缩写字母来表示,例如:猫(cat)、黑猩猩(chimpanzee)、狗(dog)分别对应“ct”、“ch”、“dg”。
    • 罕见种属则用学名的三个缩写字母加下划线来表示。缩写的首字母对应属名的首字母,其他两个字母对应种名的前两个字母。例如:黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的缩写是“dme_”。

    以NCBI RefSeq转录本库的一个人类ORF命名为例:hRHO[NM_000539.3]

    以VectorBuilder ORF库里的一个小鼠ORF命名为例:mRho[ORF032112]

    以NCBI RefSeq转录本库的一个黑腹果蝇ORF命名为例:dme_w[NM_057439.2]

  • 用户提供序列的元件:序列命名后才能把该序列添加到载体上,用户提供的名字将显示在大括号里。若用户添加的序列跟VectorBuilder数据库里的某一个元件完全相同,则该序列的名字会自动变成 VectorBuilder元件库里的名字。

    以用户提供的元件命名为例:{MyGene}

  • 用户编辑后的VectorBuilder ORF库元件:当一个来自VectorBuilder数据库的ORF被用户引入突变之后,会在原来的ORF名字上打上*的标记来表示引入了突变。用户可以选择继续使用这个名字,或者对它重命名。如果选择重命名,则名字将显示在大括号里,表示此名字是由客户命名的。请注意,用“添加标签”功能添加到开放阅读框的蛋白标签不视为突变。

    以VectorBuilder数据库里一个经过用户编辑的ORF为例:自动生成名字是hRHO[NM_000539.3]* ,用户重命名后变成{MyGene}