在VectorBuilder上自行设计载体
步骤1:

在VectorBuilder主页上,点击“设计我的载体”,进入“选择载体系统”页面。在这个页面上罗列了所有可供选择的载体系统,选择您需要的载体类型后,点击旁边的“现在去设计”按钮即可。例如,如果您要设计一个在哺乳动物细胞中表达目的基因的慢病毒载体,则点击“哺乳动物基因表达载体”—“慢病毒”—“现在去设计”。

详细的载体系统技术信息可查看“载体系统指南”。

步骤2:

当您选择一个载体系统后,您将进入到“载体设计页面”。在这里,您将看到可选择元件的载体图谱。图谱上标记了两种类型的元件,其中一部分是固定的载体骨架,一部分由您自由添加,例如基因表达的启动子、ORF或其他元件(如药物筛选标记或荧光报告基因),您按顺序输入添加即可。当在载体上添加一个元件时,您可以选择VectorBuilder的元件数据库,也可以自己输入序列。当添加ORF时,您可以选择插入蛋白标签或引入突变。以下是使用小提示:

如何从数据库中选择元件:我们含有两种类型的元件数据库。一类是罗列在网页上的常用元件库(例如常用的启动子CMV、EF1A、CAG等),另一类是基于基因的数据库(例如ORF、shRNA和gRNA),您可以通过检索基因名和物种来获得您感兴趣的基因元件。例如,当您要设计一个表达人类BMP2基因的慢病毒载体时,在“插入ORF”的步骤中点击“选择ORF数据库”并搜索人类BMP2,搜索结果会列出这个基因所有的RedSeq转录本,其中有一个是VectorBuilder推荐的。您可以选择任一转录本的ORF序列添加到您的载体中,也可以编辑后再添加(如插入表位标签或引入突变等)。

详细的载体元件信息可查看“载体元件指南”。

如何使用ORF编辑功能:您可以在开放阅读框内插入表位标签或引入突变,也可以添加到载体之后再做修改。您只需要在载体图谱上点击已插入ORF,选择下拉菜单中的“编辑ORF”,就可以打开序列编辑窗口并进行修改操作。点击序列下面的“添加标签”按钮,您将看到一系列常用的标签。您可以将它们添加在开放阅读框的N端或C端,您也可以输入或删除核苷酸直接编辑序列。当您要编辑VectorBuilder数据库中自带的元件时,所有的编辑历史都会被记录。在序列编辑窗口,您还可以使用其他便捷的功能,例如翻译,查找开放阅读框,查看反向互补链等。

如何将多个ORF置于同一个启动子下游:当您设计一个基因表达载体时,您最多可以在同一个启动子下游放置4个ORF作为多顺反子表达框。您可以使用融合蛋白,也可以使用2A肽或IRES连接子。您可以通过点击“载体设计页面”左上角的“选择插入基因的个数”来设置位于同一个启动子下游的ORF个数。

步骤3:
当您完成载体设计后,点击“完成设计”按钮进入“载体信息”页面。在这里,您能看到完整的载体注释图谱和载体序列。您也可以将它加入到您的购物车中、保存到您的账户中或者将载体信息分享给您的同事。您还可以下载PDF格式的载体报告和导出GenBank格式的序列文件。